ينقسم هيكل منهج الدراسات العليا إلى جزأين رئيسيين هما: شق الفصول الدراسية التحضيرية (الكورسات) والشق البحثي، ويتوزع على النحو التالي:

1. فصول السنة التحضيرية (Coursework)

يخوض الطالب خلال هذه المرحلة مجموعة من المقررات الدراسية داخل القاعات والمختبرات، وتنقسم إلى:

• المقررات الإجبارية (Core Courses): مواد أساسية متقدمة في صلب التخصص لا يمكن الاستغناء عنها (مثل: تصميم وتحليل التجارب الزراعية المتقدم، والتقنيات الحيوية النباتية المتقدمة).

• المقررات الاختيارية (Elective Courses): مواد يختارها الطالب بناءً على رغبته ومساره البحثي لتمنحه مرونة في التخصص الدقيق (مثل: إنتاج النباتات الطبية، إدارة البيوت المحمية الذكية، إنتاج الفاكهة، وإنتاج المحاصيل).

• مقررات الدعم والمساندة (Support Courses): مواد تهدف إلى تعزيز وتطوير مهارات الباحث الأساسية (مثل: مناهج البحث العلمي، والإحصاء المتقدم).

2. الشق البحثي (Research & Thesis)

يُمثل الجزء الأهم والأبرز في مرحلة الدراسات العليا، ويشتمل على:

• الحلقة النقاشية (Seminar): يستعرض فيها الطالب خطته البحثية أو موضوعاً علمياً حديثاً أمام الأساتذة والزملاء لغرض المناقشة والتطوير.

• الأطروحة أو الرسالة (Thesis / Dissertation): مشروع بحثي تطبيقي ومستقل يمتد لعام أو أكثر (حسب الدرجة العلمية)، يقوم فيه الطالب بإجراء تجارب مختبرية أو حقلية مبتكرة، وكتابة أطروحة علمية متكاملة تخضع للمناقشة العلنية من قبل لجنة تحكيم متخصصة.